京都にあった糀屋三左衛門は600年前より、札差し業（米をお金に両替）を営み、引き取った米を用いて、米麹を製造・販売しておりました。

種麹の製造は良い麹をつくるひとつの方法として開発されたと伝えられています。前述の木灰の使用は当社の発明とも伝えられていますが、残念ながら記録としては現存しておりません。しかし、木灰はその専門製造業者から19代にわたって購入していたことが記載されており、450年ほど前には単に米麹だけをつくっていたのではなく、種麹製造も行っていたのは間違いのないようです。

当初、製造した種麹は自家用または近くの縁者に無償で配給していたようですが、種麹需要の増加と飛脚等の出現により、東は三河、西は灘あたりまで領布されるようになったといわれております。